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我们将2019-nCoV病毒、其他冠状病毒和HIV-1病毒的序列与GenBank数据库的序列进行了仔细的比对,并没有发现这四个插入片段是HIV-1所特有的,亦或是2019-nCoV病毒从HIV-1获得了这些插入片段的证据。首先,在GenBank数据库中对这些病毒基因进行序列比对的结果表明,前100个相同或高度同源的序列均来自哺乳动物的宿主基因、昆虫、细菌等(表1)。比对结果只有几个显示与冠状病毒同源,但它们均与HIV-1病毒无关。病毒序列数据库的比对结果还显示,这些序列广泛地存在于从噬菌体、流感到巨型真核病毒等不同类型的病毒中(表1)。这些结果清楚地表明,插入的基因序列广泛存在于包括病毒在内的各种生物体中,绝不是HIV-1所特有的。当用2019-nCoV病毒的序列在整个数据库中进行检索时,我们发现它与冠状病毒的匹配程度更高,仅有少数与HIV-1相匹配(表1)。并且,虽然有19条记录显示插入片段1和2与HIV-1能够完全匹配,但插入片段3和4与HIV-1的匹配率很低(仅有42%到88%匹配)。另外,插入片段4能够与HIV-1基因组中的多个不同基因片段(包括gag、pol和env)进行模糊匹配,这表明它们之间的同源性太低(低于42%),因此并不可信。此外,在HIV数据库中检索这四个插入片段,我们也能得到相似的结论(https://www.hiv.lanl.gov/components/sequence/HIV/search/search.html)。在任何HIV-1中均未发现与插入片段3和4完全匹配的序列,这也说明插入的基因序列广泛的存在于包括病毒在内的各种生物体中,并非HIV-1所特有的。另一方面,HIV-1囊膜蛋白中与之匹配的的区域都具有高度可变性,常常存在大量的插入和缺失突变,这也表明这些片段对于HIV-1囊膜糖蛋白的生物学功能来说并不是必需的。同时,与插入片段1和2完全匹配的序列仅能在少数的HIV-1病毒株中检测到,说明在数以万计的天然HIV-1中同时存在这四个插入突变的序列也是非常罕见甚至并不存在。这也解释了为什么这四个插入片段独立存在于不同的HIV-1基因组中的原因[8]。由于这些插入片段与HIV-1的同源性低,在HIV-1序列中也非常少见,因此我们认为HIV-1并非是2019-nCoV基因组中插入序列的来源。

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